La Maestría Interinstitucional en Derechos Humanos cultiva dos líneas de generación y aplicación del conocimiento, investigaciones que tienen el propósito de analizar la situación de los Derechos Humanos. Los estudiantes podrán trabajar sobre las siguientes líneas de investigación:

1. Justicia Social, Políticas Públicas y Derecho Internacional de los Derechos Humanos: se analizan todos y cada uno de los puntos mencionados en el título de la LGAC, todo esto siendo estudiado desde el punto de vista sociológico-jurídico, con el fin de implementar de forma correcta la justicia en materia de Derechos Humanos.
2. Seguridad Pública y Derechos Humanos, Género, Etnicidad y clase: esta propone el estudio de los propios Derechos Humanos desde la perspectiva de la diversidad cultural, todo esto en carácter tanto federal como internacional.